要弄清楚生物安全柜和超净工作台的区别首先要弄清楚他们的原理，生物安全柜是一种负压的净化工作台，工作时会往里面吸气，其目的是为了避免有害物质污染实验室，保护实验员、受试样品。
但是，洁净工作台是正压工作台，工作时会把空气吸入过滤器中，空气经过过滤后吹出，这样可以保护样品，却并不能保护实验员。从洁净度角度分析，生物安全柜的洁净度要比超净台高，但洁净工作台操作相对简单。
生物安全柜的操作就有很多需要注意的地方，比如，使用之前，一定要做好个人防护，戴上手套、穿好防护服或者隔离衣，必要时还需要佩戴护目镜。生物安全柜内部也要避免使用酒精灯。柜内摆放的物品要尽量呈横向一字摆开，避免造成交叉感染，同时避免挡住背部回风隔栅影响正常风路。 操作时缓慢移动，以免影响正常风路状态。 柜内尽量避免震动，如果柜内有两种及两种以上物品需要移动时，应遵循低污染性物品向高污染性物品移动的原则。
